本发明涉及生物医药技术领域，具体公开一种柯萨奇B3病毒感染导致的心脏微血管病变的靶向治疗药物。所述靶向治疗药物为miRNA21antagomir，其核苷酸序列为5’‑UCAACAUCAGUCUGAUAAGCUA‑3’。本发明专门针对心脏微血管内皮细胞中高表达miRNA21的抑制剂，特异地靶向高表达miRNA21分子，削弱内源性miRNA21的基因沉默效应，通过提高靶基因蛋白表达量及对相关信号通路的调节，抑制血管内皮细胞凋亡，维持微血管正常生理功能。本发明可用于治疗柯萨奇B3病毒感染所致心脏微血管病变，阻断致病因子向靶器官迁移，减轻心肌组织病变，为病毒性心肌炎干预提供一种新的治疗药物。