本发明公开一种基于概率主题模型和中药基本属性的方剂功效预测方法。首先通过中医药学语分词系统从方剂大辞典数据库和中药数据库提取出结构化数据。然后，根据方剂和其对应的中药，应用LDA模型得到方剂功效和中药之间治疗关系的概率属性向量。根据每幅方剂的中药和中药剂量，提取出君药和臣药，在其基础上整合君药和臣药的属性向量，以及基于TFIDF模型的方剂权重向量，构成方剂的特征向量，输入SVM多分类器进行训练。最后，用户输入需要预测的新方剂信息，应用主题建模和训练好的SVM多分类器得到方剂的功效。本发明可以根据新方剂的中药配伍有效的预测出该方剂的功效，对于自动组方、方剂的前期临床试验意义重大。