本实用新型公开了一种干细胞分离器，包括本体，所述本体内设置电机，所述电机上设置转动轴，所述转动轴带动搅拌桨，所述电机的下方设置滤膜，所述本体的上方通过端盖设置进液口，所述本体的侧端设置出液口，所述本体的下端设置废液出口，所述废液出口的下端设置储存槽；本实用新型提供的干细胞分离器，结构简单合理，安装有搅拌桨，可对进入到分离腔内的组织液进行有效搅拌，解决由于组织液的重量差异而通过滤膜的不均匀性；搅拌桨为螺旋状，增加搅拌效率。