本发明提供一种高纯度透明质酸寡糖的制备方法，以透明质酸酶水解透明质酸得到透明质酸寡糖混合物；使用离子交换色谱柱对透明质酸寡糖混合物进行分离、脱盐，本发明采用的填料粒径小、流速高、柱长短，可明显缩短分离时间，使分离效率大大提高，可实现克级寡糖的生产，易于向更大生产规模转化。