本发明提供了一种简便有效去除超顺磁氧化铁原料药中内毒素的方法。该方法为将超顺磁氧化铁原料药使用大分子量超滤膜进行超滤。所述的大分子量超滤膜为400kD PAN超滤膜和500kD PVDF超滤膜。