本发明公开了一种广东紫珠中总黄酮葡萄糖醛酸苷和总苯乙醇苷的分离方法：1)将广东紫珠粉末和水或乙醇水溶液混合，提取，浓缩，得浓缩液；2)将浓缩液经过大孔吸附树脂柱，上样量为1/5～2倍柱体积，依次用4～6倍柱体积的水除杂，用3～5倍柱体积、15～25%的乙醇水溶液洗脱大孔吸附树脂柱，得总黄酮葡萄糖醛酸苷；3)用3～5倍柱体积、35～45%的乙醇水溶液洗脱大孔吸附树脂柱，得总苯乙醇苷粗品；4)总苯乙醇苷粗品经过聚酰胺树脂层析柱，最大上样量为1g/mL，用3～6倍柱体积、5～30%的乙醇水溶液洗脱，得总苯乙醇苷。该分离方法能将总黄酮葡萄糖醛酸苷和总苯乙醇苷有效分离，简便实用，适合工业生产。