本实用新型公开了一种冻干机箱体冷却系统，包括板层冷却子系统和壳体冷却子系统，板层冷却子系统包括第一介质输入管、板层介质流通腔以及第一介质输出管，壳体冷却子系统包括第二介质输入管、壳体介质流通腔以及第二介质输出管；第一介质输入管和第二介质输入管均连通至介质供应管路上；第一介质输出管和第二介质输出管均连通至介质回流管路上；介质回流管路与介质供应管路串联形成介质循环管路，介质循环管路上设置有循环泵。该冻干机箱体冷却系统使得灭菌后的冷却时间大大缩短，冻干机可快速投入到下一批次的产品的生产过程中，提高了设备利用率，降低了生产成本。本实用新型还公开了一种冻干机。