本实用新型涉及一种晶体颗粒处理装置，用于解离液路微路塑件系统中的流体介质中的晶体颗粒，晶体颗粒处理装置包括驱动机构，包括驱动单元和动力传输单元；主动磁芯，通过动力传输单元与驱动单元连接，主动磁芯通过驱动单元带动转动，主动磁芯中间设有第一圆孔；主流道，两端穿过第一圆孔并分别与液路微路塑件系统相连接，液路微路塑件系统中的流体介质通过主流道的一端流入主流道，并通过主流道的另一端流出主流管道流回液路微路塑件系统；被动磁芯，设置于主流道内并与主动磁芯相对应，被动磁芯中间设有第二圆孔。本实用新型的晶体颗粒处理装置有效减少流体介质中的晶体颗粒，降低液路微路塑件系统中的电磁阀或电磁泵内的关键部件被损坏的风险。