本实用新型属于医药领域，具体涉及一种低杂质羟丙基倍他环糊精的生产系统。包括反应器，反应器上设有进料口，反应器和盐酸罐均连接中和罐的进口，中和罐的出口连接第一减压蒸馏塔，第一减压蒸馏塔的顶部出口连接混合罐的进口，混合罐的进口还连接乙醇罐，混合罐的出口连接第一沉淀池，第一沉淀池的滤液出口连接过滤设备，过滤设备的出口连接第二减压蒸馏塔，第二减压蒸馏塔的顶部出口依次连接冷却器、干燥器和产品罐。本实用新型操作简单，分离纯化容易，生产得到的羟丙基倍他环糊精杂质含量低，且成本较低。