本发明涉及一种基于表观基因组的药物发现方法及其应用，属于生物医药技术领域。本发明从药物作用的基本原理出发，结合病人样本的DNA甲基化芯片数据和基因间相互作用网络，使用修订的PageRank算法来挖掘疾病发病过程中的关键致病基因，从而根据药物靶标对应关系，寻找潜在治疗疾病的药物。该方法具有理论基础扎实、易于实现、效率高的特点，在药物发现中具有广泛的应用前景。