本发明涉及一种基于生理解剖特征结合阈值筛选的医学影像软骨分割三维成像方法和系统，通过生理的解剖特征，能够明确区分哪些区域不属于软骨区域，同时根据软骨基本厚度结合阈值筛选方法分割实现软骨之间接触面的正确分割，避免了以往人工分割所带来的效率低、容易出错等问题，能够极大提升软骨诊断效率。