本发明属于生物医药中成药和功能性食品生物技术领域，公开了一种茯苓寡糖功能化纳米硒(POS‑SeNPs)的制备方法和应用。所述茯苓寡糖是利用茯苓多糖经β‑甘露聚糖酶水解所得到的水溶性富含甘露糖的葡萄甘露寡聚糖。采用茯苓寡糖作为调控剂，在维生素C还原亚硒酸钠体系中，制备得到茯苓寡糖功能化修饰纳米硒POS‑SeNPs，实现了纳米尺寸均一性、液相保存稳定性和寡糖修饰高效率。本发明的茯苓寡糖功能化纳米硒制品主要适用于辅助治疗炎症性肠病，也可用于高脂血症、动脉粥样硬化、糖尿病、肠道肿瘤和其它炎症相关疾病的辅助预防治疗。使用简便，绿色安全，价格低廉，不仅可减轻病患痛苦，而且极大减少经济负担。