本发明涉及海洋化工工程技术领域，提供了一种含卤素的壳聚糖季铵盐及其制备方法和应用。以壳聚糖为原料、碘化钠作为催化剂、以氢氧化钠拔除氨基上的氢、碘甲烷作为亲核试剂形成三甲基，制备出N, N, N‑三甲基壳聚糖季铵盐，再将N, N, N‑三甲基壳聚糖季铵盐与含卤素的有机酸盐进行离子交换，得到含卤素的壳聚糖季铵盐。本方法的优点是：含卤素的壳聚糖季铵盐的阴离子与阳离子都具有很好的杀菌抑菌活性，结果表明含卤素的壳聚糖季铵盐的抗菌活性高于壳聚糖和N, N, N‑三甲基壳聚糖季铵盐，且水溶性良好，具有很好的抑菌活性，可以广泛应用于医药和农药等领域。