本发明涉及医药领域，为解决常规方法制备的灰黄霉素微晶体粒径较大的问题，本发明提出了一种灰黄霉素微晶体的制备方法，先制备灰黄霉素有机溶液，表面活性剂与增稠剂混合物的水溶液；然后将灰黄霉素的有机溶液加入到表面活性剂与增稠剂混合物的水溶液中，混合后过滤并干燥，得灰黄霉素微晶体。本发明制备的灰黄霉素微晶体粒径小于1微米，同时生产流程简单，操作方便，产品生物利用度高，适合于工业化大生产。