本发明属于功能高分子薄膜材料领域，涉及一种具有杀菌功能的柔性复合薄膜的制备及应用方法。该柔性复合薄膜采用静电自组装技术制备而成，首先制备出柔性的聚二甲基硅氧烷薄膜，利用银镜反应在柔性薄膜中制备银纳米粒子，随后吸附聚电解质层和荧光共轭聚电解质用于杀菌。本发明的有益效果为：制备过程简便，无需复杂设备；薄膜中银纳米粒子的表面等离子体效应增强荧光共轭聚电解质产生活性氧物种的能力，使薄膜具有非常好的杀菌能力；薄膜具有很好的柔性；在食品安全和医药卫生等领域具有很好的应用前景。