本发明公开一种香草醛交联壳寡糖单胍盐酸盐及其微波合成方法，以壳寡糖产品为原料，以过氧化氢和浓硫酸的双重作用下对氧化得到的三氧化硫脲为胍基化试剂，以香草醇为交联剂，在微波条件下进行液相合成反应，得到由香草醛交联的带有单胍基团的壳寡糖盐酸盐衍生物，再用乙醇多次洗涤至中性，最后将固体放入真空干燥器内于40～80℃下干燥至物料含水量小于0.5％～10％。本发明方法具有简便易行，副反应少等优点，同时将胍基和交联结构引入生物兼容性好的壳寡糖中，使得壳寡糖的生物活性、稳定性和溶解性均得到了显著提高，在医药、化工、农业、食品等领域具有更广泛的应用前景。