本发明涉及一种高收率制备亲水性聚合物单分散微球的方法，采用沉淀聚合法，以乙腈等为反应介质，以二异氰酸酯化合物和二元胺或二元醇为单体，通过使用含有羧基、胺基或磺酸基的二元醇或二元胺在聚合物中引入亲水基团制备亲水性聚合物单分散微球。本发明方法无需任何稳定剂和引发剂，聚合完成后单体完全转化，无单体残留，所得微球非常洁净，尤其适用于生物医药等领域。本发明反应时间最短仅需30min，单体装载量最高达30％，微球产率可达97％，亲水性聚合物微球的制备效率显著提高，有利于实现规模化生产及应用。