本发明涉及一种含有埃索美拉唑镁的肠溶微丸胶囊药物组合物，其特征在于胶囊壳中含有海藻多糖，且同时满足微丸肠溶层外包修饰衣层。本发明还提供了该肠溶胶囊药物组合物的制备方法，本发明提供的处方及其制备方法可使胶囊长期贮存后杂质含量低，药物稳定性好，适于大规模工业化生产。