本发明公开了一种制备高谷氨酰胺结合肽含量的富肽产品的方法，属于医药、食品、农产品加工技术领域。本发明以小麦蛋白为原料，首先经调浆，然后在由振动膜设备与酶反应器耦联而成的酶膜反应器中进行复合蛋白酶解，实现小分子量水解产物的连续分离，并截留大分子底物及酶，减少底物抑制作用，减少游离氨基酸含量，解决了传统间歇酶解法存在的弊端。本发明制得的高谷氨酰胺结合肽含量的富肽产品水溶性>99％、多肽含量>90％、谷氨酰胺结合肽含量>30％、灰分<1％。