本发明公开了一种低分子肝素的纯化方法，将待纯化的低分子肝素溶解于纯化水中，加入阳离子交换树脂，形成混合液；搅拌形成的混合液，每隔固定的时间检测混合液pH值，直到pH值稳定，再继续搅拌半个小时；对搅拌液进行过滤，利用碱性物质将调节pH值至6‑8之间；进行浓缩；冷冻干燥，得到低分子肝素成品，本发明的技术原理是利用阳离子交换树脂吸附去低分子肝素中的糖丝氨酸和其他阳离子，如铵根或季铵离子和铁、镁等金属离子等，以获得稳定性高的低分子肝素，使用本发明的纯化方法生产低分子肝素，稳定性好，可长期存放，而且收率极高。