本发明公开了一种人源抗补体C3d分子的单链抗体，所述抗体的轻链和重链具有独特的CDR区，具有优异的抗原结合活性，亲和常数达到1.22×10‑7mol/L，生物学分布实验证明，本发明提供的抗C3d单链抗体进入类风湿关节炎小鼠模型后可快速在关节炎部位高度聚集，而且三个ScFv治疗组的关节炎严重程度明显低于PBS组，且好转度具有明显的剂量依赖关系，证明其具有优异的抗黏附/抗炎靶向抑制效应。在对MRL/lpr红斑狼疮小鼠的治疗中，本发明提供的抗C3d单链抗体能够明显提升小鼠的存活率，而且治疗组的蛋白尿、肾小球积分、间质炎症、血管炎和新月体/坏死等症状明显得到改善，显示本发明提供的抗C3d单链抗体在制备自身免疫性疾病治疗药物中具有优异的应用前景。