本申请涉及一种含小檗碱的抗菌止血微球及其制备和应用，且止血剂可用于体内并能快速降解吸收。本发明采用一种羧甲基壳聚糖、海藻酸钠、胶原、小檗碱为原料的复合抗菌止血材料，利用小檗碱的抗菌和粘附性特点，在使得材料获得抗菌性能的同时，其止血效果进一步加强。同时在止血后的模拟体液环境下，降解羧甲基壳聚糖、海藻酸钠、胶原和小檗碱这些止血抗菌有效成分，利用相关材料均为聚多糖、多肽可被水解，以及小分子易被代谢分解的性质，从而起到止血材料在体内可快速降解吸收的效果。