本发明公开了一种从黄芪药材中膜分离小分子药效物质的方法。该方法包括如下步骤：取黄芪药材，制备黄芪水提液；采用膜分离黄芪水提液，得到小分子药效物质。实验证明，采用该方法可以从黄芪药材中分离得到黄芪总黄酮、黄芪总皂苷、毛蕊异黄酮葡萄糖苷、黄芪甲苷；尤其是600Da聚酰胺膜在分离黄芪总黄酮、黄芪总皂苷、毛蕊异黄酮葡萄糖苷、黄芪甲苷中均表现出良好的分离性能。由此可见，膜分离技术可以用于黄芪中小分子药效物质的分离提纯。本发明具有重要的应用价值。