本发明公开了一种复合靶向肠溶多种物质包埋真空冷冻干燥技术，属于生物制剂包埋领域，本发明提供肠溶多层包埋，以α‑环糊精与麦芽糊精为第一层包埋，经冷冻干燥后粉碎170目，瓜尔胶，海藻酸钠与氯化钙，经冷冻干燥后粉碎120目为第二层包埋，最后以可溶性大豆多糖，微晶纤维素与壳聚糖，经冷冻干燥后粉碎80‑100目，成为第三层包埋，利用三层壁材，使内包裹的益生菌、活性酶物质等穿过胃酸环境，到达肠道中定植，做到靶向释放出益生菌、活性酶物质。