本发明公开了祖师麻甲素在制备治疗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染引起的肺部疾病相关制剂的应用，实验结果表明，祖师麻甲素能够有效改善耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引起的肺部感染的症状；能够有效增强巨噬细胞对细菌的清除能力，降低肺组织和血液中细菌菌落总数；能够降低肺泡灌洗液及肺组织中炎症因子的分泌，且对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染后所引起的炎症信号通路的活化具有抑制作用，显著延长小鼠的生存期。本发明提供的具有防治耐甲氧西林金黄色葡萄球菌肺部感染相关疾病的复方组合物，可以方便和药物载体制备成多种剂型，临床上服用方便，并且使用安全，长期服用无毒副作用，为抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌肺部感染提供了新的选择。