本发明适用于医药领域，提供了一种注射用氟尿嘧啶冻干剂及其制备方法，该方法包括：根据配方称取氟尿嘧啶、依地酸二钠、氢氧化钠、甘露醇、注射用水和活性炭配置配料液；过滤去除配料液中的活性炭，将滤液按预设的规格进行灌装和半压塞，得到灌装半成品；将灌装半成品进行冻干处理，冻干处理包括：将灌装半成品放置于冻干装置中，并于‑45℃至‑40℃预冻1.5~2小时；在0.5~1小时内升温至‑15℃至‑18℃，保持1~2小时；在0.5~1小时内降温至‑45℃至‑40℃，保持2.5~3小时；抽真空后，在1~1.5小时内升温至0℃~1℃，保持35~40小时；继续升温至33℃~37℃，保持8~10小时进行解析干燥，并压全塞，得到冻干剂。本发明的冻干剂具有良好的溶解性、澄清度和稳定性，利于临床的安全给药。