本发明公开了一种含醋酸卡泊芬净的冻干药物组合物，包含醋酸卡泊芬净、赋形剂、缓冲剂、pH调节剂和注射用水，本发明还公开了制备该冻干药物组合物的方法，其中冻干过程经预冻、一次干燥、二次干燥。本发明通过对冻干过程多个工艺参数的调控，使制成的含醋酸卡泊芬净的冻干药物组合物杂质含量低、稳定性好、水分低、冻干周期短，更适合于生产和临床应用。