本发明属于医用食品领域，具体涉及一种含有鱼油亚麻籽油和红花油的微粉及其制备方法和应用，包括水相和油相，其特征在于，水相包含淀粉类壁材、蛋白类壁材，余量为水；油相包含乳化剂、脂溶性抗氧化剂和功能性油脂；本发明采用高精度注射泵控制油相溶液加入水相溶液中的速率，得到粒径均一的乳状液，从而得到粒径均一、质量优良、性能稳定的微囊化粉末油脂。