本发明公开了一种基于生物特征识别的定点医药机构的监管方法及相关设备。该方法包括：定点医药机构监管平台响应于刷卡设备触发的使用医疗保险卡支付的刷卡请求，获取使用医疗保险卡的用户的第一生物特征信息和医疗保险卡的识别号；根据识别号，从社会保障平台获取识别号对应的医疗保险卡的持有者的第二生物特征信息；将第一生物特征信息与第二生物特征信息进行匹配；若第一生物特征信息与第二生物特征信息不匹配，则向刷卡设备下发禁止使用医疗保险卡支付的指令。本发明通过基于生物特征识别技术实现上述方案，有效的解决了现有技术中无法对定点医药机构进行监管，无法避免定点医药机构利用监管漏洞进行违规刷卡、随意抬高药价的技术问题。