本发明属于生产莱菔素的技术领域，特别涉及一种用萝卜苷生产高纯度莱菔素的方法。本发明方法以萝卜苷、黑芥子酶、透析膜管为原料，经萝卜苷反应液配制、反应体系制备、透析反应、反渗透浓缩、离心萃取等步骤生产得到莱菔素。本发明方法引入透析膜管进行透析反应，实现了产物与底物、酶的原位分离，显著提高了萝卜苷降解率，实现了黑芥子酶的完全截留，可重复用于莱菔素的生产。本发明方法具有生产工艺简单、稳定、易于组织放大，产品收率高，设备投资成本低，生产成本低，资源综合利用率高，环境友好等特点。采用本发明方法制备出的莱菔素具有纯度高、无溶剂残留、性能稳定等特点，可广泛应用于医药、食品和日化等行业。