本发明公开了一种抗人神经生长因子抗体的电荷异构体分离方法。包括先经过亲和层析，将收集到的洗脱峰的pH调节为5.0‑5.50；电导调节至4.90‑5.10ms/cm；再经过阴离子交换层析柱，待出现穿透峰且A280吸收值达到20mAU时，开始收集流穿液，收集到的流穿液即为去除电荷异构体后的抗人神经生长因子。采用本发明的方法获得的抗人神经生长因子抗体的电荷异构体收率高，活性好。