本发明涉及一种医疗器械快速清洗装置，包括清洗容器和容器盖，所述的清洗容器上有置于清洗容器外围的至少一个吸入通道，清洗容器上有朝向清洗容器内部并在清洗容器器壁均布的若干喷嘴，所述喷嘴与吸入通道连通；还包括浮球阀，浮球阀的阀芯用于控制吸入通道的通断，浮球阀的浮球置于清洗容器和吸入通道的外部；所述的清洗容器的底部有竖向设置的流出通道和置于流出通道上方的滤网，清洗容器上有置于流出通道中的单向阀；还包括水气两用泵，水气两用泵的泵入端与流出通道的下端经泵入管相连通；所述的容器盖上有置于容器盖下方的夹持机构；本发明利用水气两用泵产生的负压实现医疗工具的冲刷清洗和自动负压杀菌，操作便捷。