本发明公开了一种利用鞘茎点霉Coleophoma empetri发酵代谢产物制备环己肽类化合物FR179642的制备方法。该方法包括对FR179642发酵液过滤，将滤液浓缩，通过大孔吸附树脂吸附，解吸，解吸液脱色、低温结晶等步骤，得到高纯度环几肽类化合物FR179642产品。本发明的优点在于采用大孔吸附树脂结合使用脱色剂和结晶的方法提取环己肽类化合物FR179642，工艺简单易行，适宜于工业化生产。