本发明公开了一种胶原蛋白的分阶段混合诱导发酵方法，属于蛋白工程技术领域，菌种的纯化与保藏、活化与扩培；摇瓶、种子罐的种子培养；发酵罐内菌体培养与甲醇驯化、初始诱导阶段与混合加大诱导阶段；发酵液后处理后，得到胶原蛋白。本发明采用诱导剂、低温、高动力的的混合加大诱导模式，与用单一阶段添加诱导剂进行诱导相比，菌体对碳源甲醇有更好的适应过程，生物量得到了进一步的积累，循序渐进，逐渐加大诱导强度，目标蛋白的产量大量提高；与单一用温度诱导的方式相比，保证了目标胶原蛋白的正确折叠，同时提高动力条件满足了菌体在诱导表达阶段对溶氧的大量需求，提高了目标胶原蛋白的表达产量，同时又不会造成菌体中毒现象的发生。