本发明涉及一种可控的基因组修饰疟原虫、重组表达载体及构建方法、应用。该重组表达载体包括基因打靶的长、短同源臂以及位于两同源臂之间的四环素阻遏蛋白基因表达框、乙胺嘧啶抗性基因表达框以及目的基因表达框，而目的基因启动子的多个转录起始位点处插入四环素操纵基因序列，从而该重组表达载体可以用于条件性研究疟原虫基因组中某个功能基因的功能。此外，配合基因敲除技术，将疟原虫基因组中与目的基因对应的功能基因表达序列敲除，同时将该重组表达载体转染进基因敲除的疟原虫内，可以获得可控的基因组修饰疟原虫，并为进一步研究疟原虫基因组中各功能基因的功能提供了新的技术方案，具有广泛的应用前景。