一种制药废水智能处理系统，包括集水池、芬顿反应装置、一级沉淀池、絮凝沉降装置、调节池、UASB反应装置、AO池、MBR装置和活性炭吸附装置；所述系统还包括系统控制服务器、芬顿反应控制子系统、UASB反应控制子系统、AO池控制子系统、MBR控制子系统和活性炭吸附控制子系统，所述芬顿反应控制子系统、UASB反应控制子系统、AO池控制子系统、MBR控制子系统和活性炭吸附控制子系统都能与系统控制服务器进行数据通信。使用本实用新型所述的制药废水智能处理系统，能节省大量的人力资源和降低运行成本，同时还能高效的处理多种有害物质混合的制药工业废水，使成分复杂的制药废水达到排放要求，适用于绝大多数药品生产厂的废水处理。