本发明公开了一种无酸壳寡糖的制备方法，包括以下步骤：将壳聚糖溶于盐酸溶液，加入固定化酶进行酶解，超声波辅助酶解，得到酶解液；对酶解液依次进行超滤膜分离、纳滤膜分离，得到壳寡糖浓缩液；壳寡糖浓缩液通过阴离子交换柱；喷雾干燥，得到无酸壳寡糖，本发明将酶解法与酸解法相结合，辅以超声波溶解，有效缩短酶解法的反应时间，降低生产成本，同时，阴离子交换柱使得壳寡糖中不含酸根离子，打破传统壳寡糖的应用瓶颈，在食品、医药和化妆品领域有着广阔的应用前景，提高壳寡糖的产率，减少环境污染。