本发明公开了一种小反刍兽疫重组融合蛋白，涉及生物医药领域，包括小反刍兽疫抗原和小反刍兽疫单链抗体；一种小反刍兽疫重组融合蛋白的制备方法，包括以下步骤 : (1)查找小反刍兽疫中含有主要抗原决定簇的N(425‑525aa)抗原；(2)优化小反刍兽疫N(425‑525aa)抗原基因的密码子，合成核酸序列并进行表达；(3)构建针对小反刍兽疫N(13‑20aa)抗原的单链抗体，调取单链抗体scFv的基因；(4)重组优化的小反刍兽疫N(425‑525aa)抗原基因和针对小反刍兽疫N(13‑20aa)抗原的单链抗体scFv的基因，并进行融合表达；(5)纯化及复性小反刍兽疫重组融合蛋白。本发明在开发单克隆抗体的基础上又进行重组抗体技术开发单链抗体，易于在细胞中表达，可以在真核或者原核细胞中表达，可大量生产，成本较低。