本发明公开了一种富硒双歧杆菌微胶囊，采用如下方法制备而成：将海藻酸钠溶液与富硒双歧杆菌菌体、碳酸钙粉末混合均匀，滴加到含有乳化剂的植物油中，搅拌形成乳状液，再依次加入含有冰醋酸的植物油和乳化剂溶液，搅拌后静置，分离油相，将水相离心，得到微胶囊。本发明通过对微胶囊制备、包衣以及冻干工艺中的试剂、材料及其用量比例的筛选，提高了富硒双歧杆菌微胶囊的包埋率，包埋率高达98％，粒径小于200μm，冻干存活率高达85％。常温稳定性结果显示，在180d内，富硒双歧杆菌微胶囊的活菌数仍在108cfu/g左右。