本发明涉及一种多菌共生发酵中草药饮品的制备方法，取中草药材(根据不同的适应症准备相应配方的中草药材，或者是中医药方，或者是既有名方)加水浸泡、煎煮，煎煮液低温真空减压浓缩，灭菌、过滤，滤液为营养液；营养液加红糖混合均匀得培养液；培养液置发酵罐内冷却，接种根霉菌、红曲米菌种，后密封发酵3‑6个月，发酵温度35‑37℃，即得饮品。本发明采用中草药材为营养液培养基，以根霉菌和红曲米菌复合发酵为转化工具，采用传统深层液态发酵工艺，能提高原有中草药活性物质，安全无毒，所得饮品为纯天然发酵后的代谢产物，不含任何防腐剂，营养价值高，适合各类人群饮用。