本发明公开了一种药物虚拟筛选方法，包括以下步骤，S1：编辑模版分子的化学结构；S2：根据分子力场对步骤S1中模版分子的化学结构生成三维构象；S3：在对应步骤S2的分子力场中对各待筛选化合物的化学结构生成三维坐标；S4：利用高斯函数对分别对模版分子和各待筛选化合物的分子形状和药效团进行表达；S5：将待模板分子的三维构象与各待筛选化合物的三维构象进行分析，综合考虑模版分子和各待筛选化合物的分子形状和药效团。由于小分子配体通过三维构象与蛋白结合而发挥作用，通过构建三维构象，配合形状和药效团的结合进行药物筛选，筛选结果更接近实际情况，药物的筛选结构更加精准。