本发明公开了一种药物靶点预测方法，S1：建立数据库，并将药物靶点与其对应的配体的数据存储在数据库中；S2：根据分子力场对步骤S1中配体的分子结构生成三维构象；S3：编辑待预测分子的化学结构；S4：根据与步骤S2对应的分子力场对步骤S3待预测分子生成三维构象；S5：将待预测分子的三维构象与数据库中的配体的分子结构的三维构象进行分析；S6：根据分析结果计算匹配度。利用分子力场生成的三维构象，对待预测分子的化学结构以及数据库中的配体分子的化学结构进行多方面结合后再进行比对，从而进行靶点药物进行对应，三维构象参数对待预测分子和配体分子进行精准表征，所得预测结果准确性高。