本发明实施例提供了一种中药制剂非处方物种化学成分致病的分析方法及设备。所述方法包括：获取中药制剂非处方物种的化学成分，格式化后得到第一格式化化学成分；将STITCH数据库中的化学成分格式化，得到第二格式化化学成分；将两种格式化后的化学成分去重筛选，第一格式化化学成分得到CID编号，由此获取非处方物种的化学成分与人体蛋白的关系文件；获取人体蛋白之间的相互作用关系文件；获取OMIM号与基因的关系文件，由此获取人体蛋白之间的相互关系与OMIM号的关系的文件；根据前述三种关系文件，构建相应关系网获取致病关系。本发明实施例提供的中药制剂非处方物种化学成分致病的分析方法及设备，可以分析中药制剂非处方物种化学成分与人体致病的关系。