本发明提供了一种凝胶电泳体系，制备方法及使用其分离和检测低密度脂蛋白的方法，本发明得到的凝胶电泳体系通过调节其中凝胶电泳分离柱中聚丙烯酰胺的含量以及电泳缓冲液的种类，使其具有能够分离和检测血浆脂蛋白LDL的各个亚型的能力，具有如下优点：(1)分离效果和分辨率远优于现有产品，电泳操作工序和分离时间也进一步缩短；(2)仅需2层凝胶即可实现电泳分离和检测，而现有试剂盒产品需要至少3层凝胶；(3)成本低廉，生产成本小于6元，远低于现有Lipoprint LDL Subfractions Kit试剂盒的120元，但检测和分离效果相同，甚至更优。