本发明公开了一种基于Web的化学结构绘制方法，包括以下步骤，1)构建基于web的画布；2)用户使用画布进行绘制动作；3)捕捉用户的所有绘制动作，将其转换为化学结构的图像并在画布上进行渲染；4)将画布上显示的化学结构图像导出。基于web构建画布，能应用于浏览器，适用范围广，使用方便，对应生成化学结构的图形渲染出的3D化学结构图片，对化学结构的三维表达更加具体、准确。