本发明提供西罗莫司产生菌的育种方法，将西罗莫司产生菌接入装有玻璃渣的培养瓶内，将培养瓶置于摇床振摇，振摇结束后，菌液稀释后涂平板，挑取单菌落，即为抗剪切力和西罗莫司生产能力提高的菌株。采用本发明方法对西罗莫司产生菌进行选育，所得菌株的抗剪切力和西罗莫司生产能力均有所提高，最终提高了发酵液中西罗莫司的产量。