本发明提供了一种异麦芽糖酐铁1000的制备方法，该方法包括(1)右旋糖酐1用硼氢化钠还原；(2)步骤(1)得到的还原低聚糖与三价铁盐，氢氧化钠络合反应；(3)步骤(2)得到的反应液超滤纯化；(4)步骤(3)得到的反应液用柠檬酸活化；(5)干燥得到异麦芽糖酐铁1000。通过本发明方法，在整个操作过程中右旋糖酐1只经过简单还原处理，避免了多聚糖水解，纯化的复杂工序，使得整个生产周期大幅缩短，生产成本降低。