本发明涉及一种干旱荒漠区柠条与杜仲间作套种的方法，该方法包括以下步骤：⑴柠条种植沟的开挖；⑵间作杜仲种植沟的开挖；⑶选苗：选择1年生无病虫害的柠条幼苗和1年生无病虫害的杜仲幼苗；⑷种植：第二年春天土壤解冻后，采用幼苗种植器随起随栽所述柠条幼苗和所述杜仲幼苗；⑸田间管理措施。本发明将柠条与杜仲间作套种，可以实现干旱荒漠条件下柠条和杜仲的互惠共生，不但解决了仅种植柠条效益单一、植物成活率低等问题，而且达到荒漠治理的生态、经济和社会效益的有机统一，从而为干旱荒漠区农业安全高效产出提供技术支撑。