本实用新型公开一种医药洁净室洁净系统，包括由可回风房间和排风房间组成的常规湿度洁净区；可回风房间与排风房间的进风口均连接洁净机组处理单元，可回风房间的回风口与洁净机组处理单元回风管连接；排风房间的排风口连接排风机组；还包括有一个低湿洁净区，低湿洁净区的进风口连接局部湿度处理单元，局部湿度处理单元与洁净机组处理单元连接，低湿洁净区的排风口连接排风机组，低湿洁净区内设置湿度传感器，湿度传感器连接局部湿度处理单元内的湿度感应开关。该洁净系统在满足生产需求的前提下，最大限度的达到操作简便、自动化程度高、节能降耗的效果。