本发明涉及一种高分子微球的着色工艺，属于染整技术领域。其以分子式中含有活性基团的化合物为活性染料，以医用高分子微球为染物，将微球溶胀于电解质溶液中，同时将活性染料溶解在碱性溶液中，溶解澄清后加入微球溶液中，在一定温度和pH值条件下进行着色处理，再用洗涤剂洗涤去除微球表面未反应的染料，从而得到染色后的高分子微球。本发明创造性的提出了一种高分子微球的染色方法，首次将低温活性染色技术应用于医用高分子微球的染色，其染色条件温和，室温乃至低于室温条件即可完成上色。本发明能耗低、着色率高、匀染性好，极大的提高了染色效率。同时，由于该工艺过程简单，极大的节约了成本。